水资源工程实验中心现有水文与水资源工程实验室和水务工程实验室，实验室拥有水同位素分析仪、激光衍射粒度分析仪、库尔特计数器、离子色谱仪、总有机碳分析仪、傅立叶变换红外光谱仪、倒置显微镜、水文测量无人船、气相色谱仪和电感耦合等离子体发射光谱仪等180余台套近800万元教学科研仪器。实验室瞄准水科学国际前沿问题，紧密围绕国家重大需求，充分发挥多学科交叉融合优势，系统开展变化环境下水循环规律、洪早灾害驱动机制、水资源与水生态演变等理论方面的研究。实验室还承担水文与水资源工程和水务工程两系16门本科教学相关课程的实验操作环节（64学时），年均承接800余人次的实验教学。
